Con la expulsión de los jesuitas en 1767, por mandato del rey católico Carlos III, el colegio y todos sus bienes fueron incautados por el gobierno y agregados al ramo que se llamaba de Temporalidades.
En el año de 1779 la Ciudad de México fue azotada por una terrible peste de viruelas, por lo que el arzobispo Alfonso Nuñez de Haro y Peralta pidió al Virrey el edificio para utilizarlo como hospital.
Al triunfo de la República, por acuerdo del presidente Juárez, el Hospital de San Andrés sirvió durante el último tercio del siglo XIX como hospital de la Ciudad.
En este hospital hacías sus exámenes los alumnos de la Escuela de Medicina y en una capilla contigua, en donde hoy está la calle de Xicoténcatl, se depositó el cadáver del emperador Maximiliano, hasta que fue entregado a sus familiares en Austria, lo que constituyó en símbolo para los imperialistas. También en este sitio estuvo el Panteón de Santa Paula, fundado en 1784 para servir al antiguo Hospital de San Andrés.
En 1904 se comenzó a demoler el hospital y el panteón, para que en este solar se levantara el Palacio de Comunicaciones y Obras Públicas. El inmueble fue construido entre 1905 y 1911 en estilo ecléctico, con estructuras de hierro que en esa época evidenciaban el uso de los metales como avance tecnológico. Sobresalen sus fachadas e interiores así como las escaleras semicirculares.
El Arquitecto asignado para el proyecto fue el italiano Silvio Contri, quien a los 36 años había llegado a México atraído por la campaña destinada a favorecer la inversión extranjera y privilegiar el gusto estético enfocado al modernismo europeo.
Contri se rodeó de una multitud de especialistas, como el ebanista Mariano Coppedè, cuya firma avecindada en Florencia se encargó de todo detalle decorativo para otorgar el carácter palaciego propio de una secretaría de Estado y una dignidad más austera en las áreas de oficinas.
Empresas tanto nacionales como internacionales llevaron a cabo los distintos trabajos de construcción y decoración:
Contri proyectó la construcción como parte del entorno urbano, porque la desplazó varios metros hacia atrás, sobre lo que era la avenida de los Hombres Ilustres (hoy Tacuba), para crear una plaza frontal que diera aire y perspectiva. Como parte de la planificación, también considero dar independencia a la entrada principal mediante las calles laterales que lo convirtieron en un edificio aislado, algo poco común en el Centro Histórico de la Ciudad de México.
El palacio fue sede de la Secretaría hasta que ésta fue trasladada a la colonia Narvarte en 1954, quedando el inmueble en manos de la Secretaría de Gobernación y prácticamente abandonado. A partir de 1973 fue sede del Archivo General de la Nación, hasta 1982, cuando lo trasladaron al palacio de Lecumberri. En ese mismo año, Gobernación lo entregó a la Secretaría de Educación Pública para que se instalara un museo nacional de pintura, mismo que se inauguró el 23 de julio del año en curso.
En 1997 lograron recuperarlo por completo y plantear el proyecto MUNAL 2000, el cual buscó aprovechar el esquema de circulación del proyecto original de Contri y dejó intactos los artesanados en los techos, las puertas, marcos y recubrimientos de madera en los muros que antes ocupaban las oficinas, y hoy conforman las salas del recorrido histórico-artístico de la colección permanente.
El imponente palacio es una de las joyas del Centro Histórico. Refleja los impulsos constructivos de la época de los edificios porfirianos.
